El 1 de febrero de 1916 se abrió el tramo Irun-Santesteban y, dos meses después, el tramo Santesteban-Elizondo, pero la historia de este tren y sus primeros pasos datan del siglo XIX.

En efecto, comenzó este sistema de transporte con una línea entre Endarlatza e Irun, para transportar el mineral de hierro que se obtenía en las minas Baldrun y Ley, en Bera y Lesaka. Este era un pequeño tramo de 10,5 km. que comenzó a funcionar en 1890 y era regido por la compañía británica Bidasoa Ralways and Mines Co.

En 1911 absorbió esa compañía otra francesa que proyectó una ampliación para realizar un ferrocarrol Irun-Pamplona con ramal a Elizondo, aunque al final sólo se realizó el trayecto Irun-Elizondo, renunciándose a la costosa obra de atravesar la cadena montañosa de Velate.

El ferrocarril inaugurado en 1916 tenía una longitud de 51,5 Kms., con 8 túneles, 7 puentes y 14 estaciones:

En 1916 se realizaban tres viajes al día de ida y vuelta, con dos trenes mixtos y correo y el trayecto completo duraba entre dos y dos horas y media y costaba 6,50 pts. en 1ª; 4,90 en 2ª y 3,60 en 3ª.

El 24 de Mayo de 1944 el ferrocarril anunciaba nuevos horarios con tres viajes de mañana y uno de tarde. El trayecto seguía durando dos horas.

La competencia del transporte por carretera comenzó a afectar al funcionamiento económico de la Compañía de Ferrocarriles del Bidasoa que en los años cuarenta realizó obras de adaptación y gastos de mejora para resistir esa competencia. Sin embargo el esfuerzo sólo sirvió para prolongar la existencia del tren que terminó parando en 1956.

En la actualidad se ha acondicionado el tramo de Lesaka a Doneztebe para paseos a pie y en bicicleta y hay proyecto para recuperar casi todo el viejo recorrido.